• Typowanie PFGE różnych gatunków bakterii dla celów epidemiologicznych
• Typowanie molekularne mikroorganizmów przy użyciu metod PFGE, MLVA, MLST , sekwencjonowania

• Badanie lekooporności szczepów z rodzaju Acinetobacter spp. na oddziałach szpitalnych wraz z analizą molekularną
• Detekcja genów determinujących wirulencję i lekooporność szczepów izolowanych z zakażeń z zastosowaniem metod PCR oraz real-time PCR
• Nadzór nad lekoopornością drobnoustrojów w praktyce klinicznej
• Badanie lekowrażliwości grzybów
• Zarządzanie lekiem przeciwdrobnoustrojowym i nadzór nad lekoopornością drobnoustrojów

• Aktywność iminocukrów wobec typowych bakterii tworzących biofilm izolowanych od zakażonych pacjentów
• Przeciwzapalne i antynowotworowe działanie witmainy K2-MK7 w oparciu o mysi model raka jelita grubego
• Ocena właściwości przeciwbakteryjnych i przeciwwirusowych wybranych substancji i materiałów z zastosowaniem hodowli komórkowych, metod mikroskopowych i spektrofluorymetrycznych
• Badanie aktywności przeciwgrzybiczej i przeciwbakteryjnej różnych substancji

Zakażenia przenoszone drogą kontaktów seksualnych

Epidemiologia grzybic inwazyjnych

Dermatofitozy i niedermatofitowe czynniki etiologiczne zakażeń skóry i jej przydatków

Profilaktyka i kontrola zakażeń w leczeniu szpitalnym i ambulatoryjnym

Nadzór nad zakażeniami w opiece długoterminowej

Clostridioides difficile w kontroli zakażeń

• Flora fizjologiczna dróg rodnych
• Zaburzenia składu i funkcji mikrobiomu jelit w przebiegu różnych chorób przewodu pokarmowego
• Rola Toxoplasma gondii w rozwoju schizofrenii
• Badania metagenomiczne – ocena składu jakościowego mikrobioty z materiałów biologicznych w przebiegu różnych chorób (celiakia, choroba Leśniowskiego-Crohna, cukrzyca typu 1 i 2, otyłość, sepsa, COVID-19, schizofrenia, infekcyjne zapalenie wsierdzia, miażdżyca, endometrioza, niepłodność) z zastosowaniem sekwencjonowania nowej generacji
• Zastosowanie probiotyków w schorzeniach dróg rodnych i przewodu pokarmowego

• Czynniki wirulencji bakterii Gram-dodatnich
• Badanie immunogennych białek wybranych bakterii patogennych oraz ocena immunoreaktywności epitopów rdzennych vs. epitopów modyfikowanych poprzez skracanie lub podstawianie, przy zastosowaniu metod: SDS-PAGE; immunoblotting; Pepscan; ELISA
• Badanie zmian fenotypowych, genotypowych i epigenetycznych wybranych gatunków bakterii, herpeswirusów oraz HPV o wysokim potencjale onkogennym

• Biofilmotwórczość i analiza mikrobiologiczna szczepów z rodzaju Acinetobaceter spp. izolowanych z różnych typów zakażeń od pacjentów hospitalizowanych
• Ocena zdolności tworzenia biofilmu oraz jego dynamiki (biofilm w przepływie) przez kliniczne szczepy bakterii przy zastosowaniu metod jakościowych i  ilościowych (ocena stopnia zajęcia powierzchni; hodowla; ilościowy real-time PCR), oraz metod obrazowania (mikroskopia fluorescencyjna; SEM)
• Opracowywanie nowoczesnych metod zwalczania biofilmu bakteryjnego z wykorzystaniem: nanocząstek metali szlachetnych; nanocząstek antybiotyków; białek o właściwościach przeciwbakteryjnych; a także poprzez funkcjonalizowanie powierzchni na drodze wbudowania różnych grup funkcyjnych ZMMM
• Ocena zdolności tworzenia przez drobnoustroje biofilmów na powierzchniach abiotycznych

• Nadzór nad kontaminacją pomieszczeń i środowiska